地质学研究中经常会遇到在拍摄大型的样品或者多行、列的矿物样品时，需要依靠电动平移台移动样品，对整个样品进行平铺扫描、多次拍摄，再进行后期的处理的情况。由于精确性的原因，往往图像和图像之间存在位移或者重叠。这时候就需要对图片进行拼接，以获得完整图像。

图像拼接大概可以分为以下2种情况：

1. 图片命名有规律，且图片之间存在重叠。

2. 图片命名无规律，且图片之间存在重叠。

图片有规律重叠是最常见的情况，特别是在CL电镜下平铺扫描时，每张图片在x、y方向都可能有部分的重叠，且图片按照顺序命名与排列。

2张图片拼接

对于有重叠的两张图片，如下图所示：

图片拼接方法：

Files -> Open，打开需要拼接的2张图片

Plugins -> Stitching -> Pixelwise Stitching of Images

弹出窗口：

选择需要拼合的2张图片，点击确定，在弹出的新窗口注意以下参数：

Fusion methods：可以选择不同的算法进行图像拼合，一般选择线性即可，若效果不好再考虑其他方法。

Subpixel accuracy：如果勾选，可以提高拼接的正确率，但会增加计算时间。

Registration channel image：选择拼接时参照的channel。如果是RGB图片的拼接，需要选择最好的Channel来进行拼接。

该插件可以自动探测图片的重叠区域，并进行拼接，但由于CL照片一般在右下角普遍会存在比例尺影响拼合，因此可以使用矩形框选工具在2张图片中各自框出特征重合区域，然后再进行拼接。

拼接结果：

3张及以上重叠图片拼接

对于有重叠的3张及以上图片，首先需要准备好图片，将按照扫描顺序进行命名，例如：样品名_1.jpg，样品名_2.jpg，以此类推。

图片拼接方法：Plugins -> Stitching -> Grid/Collection Stiching

在弹出的窗口中注意以下参数：

Type与Order：根据样品照片的扫描顺序确定使用何种拼接类型以及拼接方向

选择拼接类型与方向之后，在新的窗口注意以下参数：

Grid size x与Grid size y：例如样品图片一共有3行1列，就在x与y中分别输入3与1

Dictionary：选择存放样品照片的文件夹

First file index：样品照片的命名是从什么数字开始的，该插件会按照数字顺序拼接图片

File name for titles：样品文件名，记得带后缀名，变化的数字用{i}表示，例如样品名称分别为1.jpg，2.jpg，3.jpg，则命名为{i}.jpg

点击OK插件会自动开始拼接，拼接效果如下：

最后主界面File --> Save，选择保存格式即可保存拼接后的照片

引用

Preibisch, S., Saalfeld, S., & Tomancak, P. (2009). Globally optimal stitching of tiled 3D microscopic image acquisitions. Bioinformatics, 25(11), 1463–1465. doi:10.1093/bioinformatics/btp184